制備基因組 DNA是進行基因結構和功能研究的重要步驟,通常要求得到的片段的長度不小于100-200kb。在DNA提取過程中應盡量避免使DNA斷裂和降解的各種因素,以保證DNA的完整性,為后續的實驗打下基礎。一般真核細胞基因組DNA有107-9 bp,可以從新鮮組織、培養細胞或低溫保存的組織細胞中提取,常是采用在EDTA以及SDS等試劑存在下用蛋白酶K消化細胞,隨后用酚抽提而實現的。這一方法獲得的DNA不僅經酶切后可用于Southern分析,還可用于PCR的模板、文庫構建等實驗。??? 根據材料來源不同,采取不同的材料處理方法,而后的DNA提取方法大體類似,但都應考慮以下兩個原則:(1)防止和抑制DNase對DNA的降解;(2)盡量減少對溶液中DNA的機械剪切破壞。 一、試劑準備 1.TE: 10mM Tris-HCl (pH 7.8); 1mM EDTA (pH 8.0)。2.TBS: 25mM Tris-HCl (pH 7.4); 200mM NaCl; 5mM KCl。3.裂解緩沖液:250mM SDS; 使用前加入蛋白酶K至100 m g/ml。 4.20% SDS5.2mg/ml蛋白酶K6.Tris飽和酚(pH 8.0)、酚/(酚∶=1∶1)、7.無水乙醇、75%乙醇 二、操作步驟 (一) 材料處理 1.新鮮或冰凍組織處理: ⑴ 取組織塊0.3-0.5cm3 , 剪碎,加TE 0.5ml,轉移到勻漿器中勻漿。 ⑵ 將勻漿液轉移到1.5ml離心管中。 ⑶ 加20% SDS 25 m l,蛋白酶K (2mg/ml) 25 m l,混勻。 ⑷ 60 ° C水浴1-3hr。 2.培養細胞處理: ⑴ 將培養細胞懸浮后,用TBS洗滌一次。 ⑵ 離心4000g×5min,去除上清液。 ⑶ 加10倍體積的裂解緩沖液。 ⑷ 50-55 ° C水浴1-2hr。 (二)DNA提取 1. 加等體積飽和酚至上述樣品處理液中,溫和、充分混勻3min。2. 離心5000g×10min,取上層水相到另一1.5ml離心管中。 3. 加等體積飽和酚,混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。4. 加等體積酚/,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。如水相仍不澄清,可重復此步驟數次。5. 加等體積,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。6. 加1/10體積的3M醋酸鈉(pH 5.2)和2.5倍體積的無水乙醇,輕輕倒置混勻。 7. 待絮狀物出現后,離心5000g×5min,棄上清液。8. 沉淀用75%乙醇洗滌,離心5000g×3min ,棄上清液。9. 室溫下揮發乙醇,待沉淀將近透明后加50-100 m l TE溶解過夜。(三)DNA定量和電泳檢測 1. DNA定量: ??? DNA在260nm處有的吸收峰,蛋白質在280nm處有的吸收峰,鹽和小分子則集中在230nm處。因此,可以用260nm波長進行分光測定DNA濃度,OD值為1相當于大約50μg/ml雙鏈DNA。如用1cm光徑,用 H2 O稀釋DNA樣品n倍并以H2 O為空白對照,根據此時讀出的OD260 值即可計算出樣品稀釋前的濃度:DNA(mg/ml)=50×OD260 讀數×稀釋倍數/1000。 ??? DNA純品的OD260 /OD280 為1.8,故根據OD260 /OD280 的值可以估計DNA的純度。若比值較高說明含有RNA,比值較低說明有殘余蛋白質存在。OD230 /OD260 的比值應在0.4-0.5之間,若比值較高說明有殘余的鹽存在。 2. 電泳檢測: ?? 取1μg基因組DNA用行0.8%瓊脂糖凝膠上電泳,檢測DNA的完整性,或多個樣品的濃度是否相同。電泳結束后在點樣孔附近應有單一的高分子量條帶。三、 注意事項 1. 所有用品均需要高溫高壓,以滅活殘余的DNA酶。2. 所有試劑均用高壓滅菌雙蒸水配制。3. 用大口滴管或吸頭操作,以盡量減少打斷DNA的可能性。4. 用上述方法提取的DNA純度可以滿足一般實驗(如Southern 雜交、PCR等)目的。如要求更高,可參考有關資料進行DNA純化。
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